สารประกอบจากพืชในถั่วเหลืองอาจช่วยป้องกันหัวใจได้เช่นกัน แม้ว่าสิ่งนี้ยังคงเป็นหัวข้อถกเถียงในหมู่นักวิทยาศาสตร์บางคน จากข้อมูลของ  ประโยชน์ของนมถั่วเหลือง สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยาของสหรัฐอเมริกา (FDA)หน่วยงานดังกล่าวไม่สามารถสนับสนุนคำกล่าวอ้างใด ๆ เกี่ยวกับถั่วเหลืองที่ลดความเสี่ยงของโรคหัวใจได้ เนื่องจากการศึกษาขัดแย้งกันว่านี่เป็นความสัมพันธ์โดยตรงหรือไม่ ตามบทความที่ตีพิมพ์ในวารสาร American Heart Associationเมื่อเดือนมิถุนายน 2019 เป็นที่น่าสังเกตว่าการศึกษาส่วนใหญ่ที่ประเมินโดยองค์การอาหารและยาเพื่อประเมินประโยชน์ที่เป็นไปได้ของถั่วเหลืองต่อสุขภาพหัวใจได้ตรวจสอบโปรตีนถั่วเหลืองที่แยกได้ (นั่นคือโปรตีนถั่วเหลืองเท่านั้น)มากกว่าอาหารที่ทำจากถั่วเหลือง (เช่น นมถั่วเหลืองหรือเต้าหู้)