ประมาณ 80% ของกรณีไข้หวัดแมวเกิดจากหนึ่งใน 2 ไวรัส ได้แก่  Feline Herpesvirus (FHV) หรือ Feline Calicivirus (FCV ) ไวรัสอาจมีอยู่ทั้งคู่และเมื่อได้ทำลายเยื่อบุทางเดินหายใจของแมวที่ติดเชื้อแล้ว โรคนี้อาจมีความซับซ้อนมากขึ้นจากการติดเชื้อแบคทีเรียเพิ่มเติม สาเหตุอื่นๆ ของไข้ หวัดในแมว ได้แก่ แบคทีเรียเช่น  Chlamydophila Felis  ซึ่งก่อนหน้านี้รู้จักกันในชื่อ Chlamydia และ  Bordetella Bronchiseptica  ซึ่งเป็นสาเหตุของอาการไอในสุนัข เมื่อติดเชื้อแล้ว แมวจะหลั่งอนุภาคไวรัสในน้ำมูกและน้ำมูกและในน้ำลาย แม้ว่าแมวที่ป่วยจะเป็นแหล่งแพร่เชื้อที่ใหญ่ที่สุด แต่แมวที่แข็งแรงบางตัวก็เป็นพาหะของไวรัส "พาหะ" ไม่ทรมานจากอาการของโรค แต่พวกมันก็สามารถหลั่งอนุภาคไวรัสและแพร่เชื้อให้แมวตัวอื่นได้เช่นกัน อนุภาคสามารถอยู่รอดได้นานถึงหนึ่งสัปดาห์ในสิ่งแวดล้อม ดังนั้นแมวจึงไม่จำเป็นต้องพบตัวอื่นเพื่อจับไข้ สามารถแพร่เชื้อไปยังแมวตัวอื่นได้ง่ายโดยการสัมผัสกับชามอาหารหรือของเล่นที่ติดเชื้อ หรือบนเสื้อผ้าของผู้คนหลังจากสัมผัสแมวที่ติดเชื้อ